Η πολιορκία της Νάξου ήταν αποτυχημένη προσπάθεια του τυράννου της Μιλήτου, Αρισταγόρα, και των Περσών, να αυξήσουν την επιρροή τους στην ευρύτερη περιοχή. Ο Αρισταγόρας είχε δεχθεί εξόριστους αριστοκράτες από τη Νάξο, οι οποίοι τον έπεισαν να τους βοηθήσει να ανακτήσουν την εξουσία τους στο νησί. Ο Αρισταγόρας, εκμεταλλευόμενος την ευκαιρία που του δινόταν, ζήτησε τότε τη βοήθεια του σατράπη Αρταφέρνη και προσπάθησε να καταλάβει το νησί. Οι κάτοικοι της Νάξου αντέταξαν αποτελεσματική άμυνα, υπομένοντας τέσσερις μήνες πολιορκίας. Η πολιορκία της Νάξου αποτέλεσε αφορμή για την Ιωνική Επανάσταση η οποία αποτέλεσε το έναυσμα για τις μετέπειτα συγκρούσεις Ελλήνων και Περσών.